Introducción/Objetivos: Scutellaria havanensis Jacq es una especie nativa de Cuba. Se usó por la población como medicinal para combatir fiebres intermitentes, síntoma relacionado con la malaria. La amplia actividad biológica de otras especies del género Scutellaria se atribuye a la presencia de compuestos fenólicos. Recientemente se aisló el flavonoide wogonina de la parte aérea de S. havanensis. En este trabajo nos propusimos evaluar la acción anti-protozoaria in vitro de wogonina aislada de S. havanensis y de dos extractos de la planta donde se demostró la presencia del flavonoide.  Materiales y Métodos: Se preparó un extracto clorofórmico y un extracto metanólico de la parte aérea de S. havanensis. Se aisló wogonina a partir de uno de ellos. Se evaluó la acción in vitro de los tres productos frente a estadios eritrocitarios de Plasmodium berghei, a promastigotes de Leishmania amazonensis y a trofozoitos de Trichomonas vaginalis. Se calculó la concentración inhibitoria media (CI50) para los tres protozoos. Resultados: Wogonina exhibió buenos valores de actividad trichomonicida (CI50=16,1 µg/mL; 56 µM) y antiplasmodial (CI50=4,3 µg/mL; 15 µM) mientras, fue inactiva frente a promastigotes de L. amazonensis. Los dos extractos exhibieron valores de CI50 menores de 50 µg/mL frente a T. vaginalis y P. berghei; el clorofórmico mostró buena actividad para ambos protozoos, muy similar al compuesto puro (CI50Pb=7,6 µg/mL; CI50Tv=12,9 µg/mL). Conclusiones: Wogonina es un principio activo de Scutellaria havanensis frente a Plasmodium berghei y Trichomonas vaginalis. Otros compuestos activos o potenciadores de la actividad de wogonina parecen estar presentes en el extracto clorofórmico.